Rejestr jest to centralna baza danych.Wykorzystywana jest do przechowywania w ujednolicony sposób wszystkich informacji konfiguracyjnych systemu operacyjnego i aplikacji. Zawiera on kompletny zestaw wpisów dotyczących ustawień takich elementów, jak programy obsługi (sterowniki) urządzeń, pamięć czy programy obsługi sieci. Narzędzia systemu operacyjnego pozwalają na dostęp do niego zarówno z komputera, którego dotyczy, jak również poprzez siec. Architektura Rejestru jest połączeniem idei znanych z Windows 3.X plików INI oraz występującego także w tym środowisku Rejestru (przechowującego znacznie mniej informacji). Rejestr Windows 95 ujednolica i łączy te mechanizmy. Sekcjom plików INI odpowiadają tzw. klucze Rejestru, a poszczególnym wpisom -- wartości Rejestru. Podstawowe różnice to wprowadzenie struktury hierarchicznej (drzewiastej) i umożliwienie korzystania z wartości binarnych. Niestety, wprowadzenie koncepcji jednolitego Rejestru jako bazy danych konfiguracyjnych nie pozwala na natychmiastowe "uwolnienie się" od takich plików, jak WIN.INI, SYSTEM.INI, ATM.INI, CONFIG.SYS czy AUTOEXEC.BAT. Pomimo tego, ze ich rola w Windows 95 sprowadzona została do pozostałości po poprzednim środowisku pracy, ich usuniecie z dysku twardego może wręcz uniemożliwić uruchomienie komputera. Powodem jest głównie zgodność z 16-bitowym, pochodzącym z DOS-u i Windows 3.X oprogramowaniem. Ani aplikacji użytkownika, ani wszystkich programów obsługi urządzeń z reguły nie jesteśmy w stanie wymienić od razu na ich nowe, pisane dla Windows 95, odpowiedniki. Pliki INI w dalszym ciągu są wiec obsługiwane na równi z Rejestrem. Wymieniane przez Microsoft zalety użytej w Windows 95 koncepcji Rejestru są następujące: Jedno miejsce przechowywania danych wykorzystywanych przy enumeracji i konfigurowaniu urządzeń, ich sterowników, aplikacji oraz samego systemu operacyjnego. System operacyjny automatycznie tworzy kopie ostatniej poprawnej konfiguracji wykorzystywanej przy uruchamianiu komputera. Jeżeli zastosowana zostanie opcja wykorzystywania indywidualnych profili konfiguracyjnych użytkowników, odpowiednie dane mogą być przechowywane na serwerze sieci. Pozwala to na korzystanie z własnej konfiguracji niezależnie od tego, której końcówki sieci używamy. Administratorzy sieci mogą korzystać ze specjalnych narzędzi umożliwiających wprowadzenie wszelkich zmian konfiguracyjnych z dowolnej końcówki sieci, niezależnie od jej rodzaju.